Оказывается ничего сложного в этом нет!
Заходим в контейнер путем:
sudo lxc-attach m16dev
Вводим команду:
sudo bash /var/www/m16/scripts/bash/updateConfigs.sh m16
где, m16 - параметр (m16 - локально, a505 - стейдж, ru - продакшен)